Tuttavia seguendo le sorti economiche della città, anche il gruppo ebraico veneziano si andava contraendo: nel 1931, si contavano 1814 iscritti; circa 1200 nel 1938 quando si abbattè il fulmine delle leggi razziali. Una situazione destinata a precipitare con la caduta del fascismo e l’entrata delle truppe tedesche in Italia: dall’8 settembre 1843 all’aprile del 1945 furono deportate e uccise circa duecento persone, tra cui il rabbino capo della comunità, Adolfo Ottolenghi, cieco e sofferente, che non aveva voluto abbandonare i suoi Vecchi della casa di riposo, come ricorda la lapide apposta sulla facciata del Centro Comunitario.
Da qui furono deportati in due successive retate (la notte tra il 5 e il 6 dicembre 1943 e il 17 agosto 1944) quasi tutti gli ospiti della casa e numerosi ebrei veneziani che vi avevano trovato rifugio. La lapide sulla facciata della Casa di Riposo, ricorda invece, Giuseppe Jona, medico insigne, che resse le sorti della Comunità negli anni della persecuzione nazista e che “alla rovina d’Italia, al nuovo martirio d’Israele non seppe resistere”. Alla fine del 1945 rimanevano in città 1050 ebrei, ma la comunità era destinata a ridursi ulteriormente.